Dal settembre 2013 il Seminario ha una sede unica a Venegono Inferiore (in provincia di Varese) occupata dalla comunità Propedeutica, dal Biennio di Teologia, dal III, IV, V e VI corso teologico
Un complesso mastodontico: tra tutti gli edifici spicca la torre alta 64 metri che, a partire dagli anni Trenta e per quasi mezzo secolo, è stata sede dell’Osservatorio di Fisica Terrestre