Dal settembre 2013 il Seminario ha una sede unica a Venegono Inferiore (in provincia di Varese) occupata dalla comunità Propedeutica, dal Biennio di Teologia, dal III, IV, V e VI corso teologico

Edificato nel 1928 per volontà del card. Schuster su un progetto dell’ing. Giovanni Maggi, cominciò ad ospitare i primi seminaristi provenienti dal seminario liceale di Monza e quelli del Seminario Maggiore di Milano nell’agosto del 1930. Cinque anni più tardi l’arcivescovo Alfredo Ildefonso Shuster presiedette la solenne inaugurazione. Egli fu particolarmente legato al seminario, tanto che qui vi morì il 30 agosto 1954.
Il seminario è attualmente la sede centrale dei Seminari Milanesi, diretti dadon Michele Di Tolve. Ospita la comunità del Quadriennio Teologico e alcune iniziative di Pastorale Vocazionale dei preadolescenti. È inoltre sede della Sezione della Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale.