Le vetrine sono 92, e comprendono quattro tipi di raccolte: zoologica con gli animali, paleontologica con i fossili, mineralogica e petrografica costituita da rocce

La collezione zoologica comprende 32 vetrine, numerate progressivamente cominciando da sinistra di chi entra. Vi sono mammiferi impagliati (fra cui notevoli i carnivori: l’orso marsicano con il piccolo, il leone, la tigre, il leopardo, il lupo… nelle grandi vetrine al centro della sala); uccelli tra cui spiccano i rapaci: gli sparvieri (vetrina 21) e i gheppi (vetrina 22) che nidificavano sulla torre del Seminario, il nibbio reale (vetrina 21) catturato mentre ghermiva i pulcini presso le stalle del Seminario…; rettili come il gigantesco coccodrillo nilotico di cinque metri, pesci e moltissimi invertebrati.

Le farfalle fanno bella mostra di sé in una vetrina loro riservata (vetrina 11), vicino a variopinti coleotteri ( vetrina 12). Le creature del mare sono rappresentate da conchiglie piccole e grandi, da ricci e stelle marine, da madrepore e gorgonie provenienti dalle barriere coralline di tutto il mondo (vetrine 8-10.13).

I fossili testimoniano lo sviluppo dei viventi nelle varie ere geologiche, a cominciare da tre miliardi di anni fa. Sono ordinati dai più antichi ai più recenti, in 28 vetrine a forma di leggio, appositamente progettate dalla Scuola Beato Angelico. Provengono dalle più note località fossilifere d’Italia, Francia, Germania; ma anche da Libano, Brasile, Stati Uniti…
Alcuni pezzi sono notevoli, come le ammoniti di 60 centimetri, alcune trilobiti dell’Era Primaria (vetrina 48), i pesci, crostacei e rettili fossili del Mesozoico di Lombardia (vetrina 49 e seguenti), e le testimonianze di attività umane preistoriche sul Lago di Varese o nella Sardegna (vetrine 79-80). Qualche pezzo come i bivalvi irregolari della Dolomia Principale, risale probabilmente alla originaria raccolta di Stoppani stesso (vetrina 50).

I minerali sono disposti in 25 vetrine, secondo l’ordine cristallochimico ideato dal tedesco Strunz. Si possono ammirare le forme cristalline e le loro associazioni geometriche, i colori e le loro sfumature, i contrasti fra le rocce inglobanti e i minerali ben cristallizzati. I collezionisti danno oggi molta importanza ai micromounts, da guardare al microscopio; nel Museo invece sono esposti a volte pezzi vistosi, come alcuni quarzi e silicati. Vi sono anche dei minerali fluorescenti, che cambiano colore sotto l’azione di raggi ultravioletti (vetrina a muro tra le vetrine 19 e 20).

Infine 8 vetrine sono dedicate alle rocce: derivate da magmi, come le rocce vulcaniche effusive; oppure da processi di deposito, come le rocce sedimentarie; o da profonde trasformazioni della massa, come nel caso delle rocce metamorfiche, ricristallizzatesi sotto l’azione della pressione e del calore.

Tra le rocce vulcaniche ci sono anche dei pezzi raccolti sul Vesuvio, dopo l’eruzione del 1889, da Giuseppe Mercalli, prete milanese, professore in Seminario negli anni 1872-1888, poi professore all’università di Napoli dove morì, ideatore della scala Mercalli per la classificazione dell’intensità dei terremoti.